從1960年開始，我國內貿海運集裝箱恢復運轉，主要是采用小型箱開展客班輪的捎帶運輸業務。1996年底，由于外貿政策的調整、國際集裝箱發展過熱及運力過剩、運輸結構變化等原因，內貿水路集裝箱運輸發展迎來了難得的機遇。到1995年，全國主要港口完成內貿集裝箱吞吐量已達16萬箱、貨重51t，其中5噸箱13萬個，主要分布在上海、廣州、大連、溫州和海口等港口。

1996年12月，上海港龍吳港務公司開通了中國第一條內貿標準集裝箱班輪航線（上海-廈門）；1997年海口青年實業公司經調查研究設計構筑了以上海為樞紐、長江下游、南北沿海T字型水路內貿集裝箱運輸網絡，并與山東通達公司、深圳大洋公司聯合開通了上海至蛇口、海口、廣州的南方航線。上海至南通、江陰、南京的長江下游航線及上海至青島、天津的北方航線。1997年4月，中海集團投入一艘614標箱全集裝箱船“林園”輪，開辟了廣州蛇口、廈門、上海航航線，開通南北沿海全集裝箱班輪航線，標志著沿海內貿集裝箱運輸進入一個新的發展時期。1997年5月19日，冊東泛連公司又開通了青島、上海、廣州內貿集裝箱航線；1998年12日，中海集團投入1008標箱“向平”輪運營內貿航線，標志內貿箱航線進入千標箱時代。

       內貿水路集裝箱運輸發展階段
       從1996年開始，20ft和40ft國際標準集裝箱開始在我國水路內貿集裝箱運輸業務上得到廣泛應用，以海口南青和中海為先導的不少船公司紛紛開辟國內水路內貿集裝箱運輸航線，眾多國內企業也通過采用水路內貿集裝箱運輸的方式來替代傳統的件雜貨和公路運輸方式而獲得了良好的經濟效益。交通部于1996年初頒布了“國內水路集裝箱貨物運輸規則”，并于1997年召開了第二次水路集裝箱運輸工作會議，對我國水路內貿集裝箱運輸的發展起到了積極的引導和推動作用。從20世紀末到21世紀初，我國水路內貿集裝箱運輸得到了快速的發展，到2007年，全國開展內貿集裝箱裝卸業務的港口企業已近60個，遍布沿海、長江和珠江內河區域，全國港口內貿集裝箱吞吐量從1999年的263.6萬TEU發展到2007年的2578.7萬TEU，年均增長率達到33%；全國沿海港口內貿集裝箱吞吐量從1999年的185.8萬TEU發展到2007年的2255.9萬TEU，年均增長率達到37%，超過了全國港口外貿集裝箱吞吐量年均增長率。從數據可以看出，沿海港口一直是我國內貿集裝箱發展的主要力量。我國內河港口內貿集裝箱的發展在初期階段略滯后于沿海。從1999年到2003年，內河港口內貿集裝箱吞吐量處于徘徊不前的態勢；2003年以后，內河港口內貿集裝箱得到了飛速的發展，年均增長率達到了44.6%。長江沿線部分主要港口如南京、張家港、重慶等其內貿集裝箱吞吐量已經占到了全港的一半左右，揚州、江陰和太倉等港內貿箱占全港的比重更是超過了70%。

2002-2010年船運公司諸子百家時代： 

2002-2010年國內先后有安盛船務（2002）、中谷新良（2002）、煙海集箱（2003）、洋浦中良（2004）、和易海運（2004）、煙臺海運（2005）、信風海運（2005）、東方海運（2005）、合德物流（2005）、陽光速航（2009）、港泰海運（2009）、海南泛洋（2009）、大新華物流（2009）等船公司成立。除中海、中遠和南青牢牢占據住五強席位外，其他船公司相互爭奪剩余兩強之位，年年都進行更新換代。這一時期，無論市場運力如何調整，前五家公司始終占據著80%的市場份額。由于正值內貿箱航線高速發展期，即使出現2008年金融危機，南青也牢牢把控著前三的位置。但同時也由于金融危機的出現，其他資本以及老牌民營航運企業借用前期的資本積累，開始沖擊“諸子百家”的格局。

安通、中谷、中遠海（泛亞）三足鼎立（2016年至今）

安通控股和中谷海運都是2002年成立，經過十年資本積累，借著金融危機和歐債危機勢頭，抄底航運市場，迅速完成內貿船舶大型化。2016年中遠中海合并，由新泛亞統一經營兩家公司的內貿航線，2017年新泛亞引入復星等股東增資擴股，實現了國資、民資與員工出資的緊密融合；2016年安通控股借殼上市，中谷物流掛牌新三板后退市，三足鼎立之勢從此確認。2013年至2018年，安通控股牢牢把握著探花和榜眼的位置，但2019年安通控股危機造成局部收縮，中谷物流順勢登上榜眼之位。破產、并購、整合活動仍然在持續重塑內貿集運行業，經過重組后的市場幸存者將面臨對價格和客戶把控的難題，三足鼎立格局或將成為內貿集運行業新的挑戰。

40年海運行業的發展變化巨大，船隊規模的發展速度前所未有。改革開放初期，我國船隊規模只有1600多萬噸，現在已經達到約2.57億噸。港口能力的發展速度前所未有。改革開放初期，全國萬噸級以上泊位只有133個，現在萬噸級以上泊位已達2366個。內河航運的發展速度前所未有。改革開放初期，我國內河港口沒有萬噸級泊位，現在有418個，全國內河航道通航里程約12.7萬公里，內河船平均噸位成倍增加。水運科技的發展速度前所未有。深水碼頭建設、巨型復雜河口航道整治技術等達到國際先進水平，集裝箱自動化碼頭裝卸技術取得突破性進展，大型集裝箱港口機械研發與制造走在世界前列。看起來這些數字呈現的是發展速度的變化，其中也體現了水運行業發展的質量和水平。